La Linaclotida es un agonista de la guanilato ciclasa-C (GC-C). Tanto la Linaclotida como su metabolito activo se unen a la GC-C en la superficie luminal del epitelio intestinal. La activación de la GC-C resulta en un aumento de la concentración intracelular y extracelular de guanosina monofosfato cíclico (GMPc).

En el plano intracelular, el GMPc causa la secreción de cloruro y bicarbonato en la luz intestinal, principalmente mediante la activación del canal regulador de la conductancia transmembrana de iones de la fibrosis quística (RTFQ), resultando en un aumento de la cantidad de líquido intestinal y una aceleración del tránsito intestinal.

A nivel extracelular, el GMPc disminuye la actividad de las fibras nociceptivas, con lo cual se verificó reducción del dolor visceral en modelos animales. Se ha demostrado que Linaclotida, mediante su acción sobre la GC-C, reduce el dolor visceral y acelera el tránsito gastrointestinal en modelos animales y el colónico en humanos.